一、雖然歲入增加，但地方財政負擔卻不見得能減輕：以往縣民健保費由中央負擔，未來直轄市的市民健保則應由地方自繳。部份教育經費亦復如此。（見表一）甚至，以往靠中央負擔的債務，都將重回市府的帳面上。升格後，高雄市民負擔的債務最沈重，每人當下負債六．二萬，台中市民二．二萬，新台北市民一．六萬。

二、地方選舉制度改變，台灣將進入「諸侯割據」的新時代，挑戰中央的治理能力：蘇貞昌指出，改制後，各直轄市首長所掌握的資源、所代表的選民人數，都將大於中央部會首長。各地方首長為地方爭取最大利益的做法，中央將很難控制，即所謂「葉爾欽效應」。

三、城鄉、貧富差距更劇：除升格直轄市的都會外，各縣市都將快速邊緣化。高雄市的升格報告書，更進一步坦白指出，即使是升格的城市，也擔心城市地區間的資源配置難以兼顧公平原則，「在合併效益產生前，如何兼顧公共資源使用效率，與區域內公平原則，」都還是問題。

四、合併前各縣、市的發展程度本來就有大差距，合併後，短期仍將有「東西德統一」的適應症候群：高雄市升格報告就指出，高雄市縣原來就分屬都會、鄉鎮兩種型態在生活、工作。改制後，行政區域在人口、產業、人文、地理環境等複雜因素下，行政區域的調整將不如想像中容易。

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