馬英九總統6日在總統府主持第三次「防疫專家諮詢會議」時表示，現在天氣變涼，疫情稍有升高，同時疫苗也已經開打；現階段防疫最主要的工作在於疫苗的施打，可以說是有史以來最大規模的施打，大家都非常重視，也都小心翼翼，這作法值得肯定，尤其是國產的國光生技公司生產的疫苗，經過人體臨床實驗之後，證明它的安全性與有效性絕對不遜於諾華疫苗，甚至有過之，這是我國的驕傲。

馬總統說，這次疫苗施打的規模是空前的，公共衛生體系已高度動員，為國人的生命與健康全力以赴，尤其本週三決定將國小、國中、高中職及五專學生接種疫苗之期程提前，給公共衛生體系帶來更大的挑戰與壓力，政府要對所有投入疫苗接種工作的防疫人員表達感謝與慰勉。

馬總統指出，包括我國在內的北半球主要國家，已經正式進入流行性感冒的流行季節，疫情緩緩上升。上次9月23日召開諮詢會議時，H1N1住院病例計281例，其中38例仍住院中，其他都出院了，死亡病例有17例。到今天早上為止，住院病例累計已達529例，其中42例還在住院中，其他都出院了，不幸的是死亡病例增加到27個，這段時間增加了10位，我們為這些往生者感到哀痛。

馬總統說，尤其值得注意的是，上週開始學校停課的狀況有明顯增加，停課校數一度高達500多所，停課班級則攀升至1,100多班，值得我們警惕。

馬總統在會後裁示則表示，下一個階段，不管疫情會不會升高，接種疫苗都已經在進行，而且會愈來愈多，非常欣慰的是，我們國產的疫苗能夠及時施打，讓疫情獲得控制，這麼大的一項行動是史無前例的，對整個公衛體系也是非常大的挑戰，如果能夠執行成功的話，我國公衛的水準在全世界都會受到很大的重視。

馬總統說，我們疫苗的接種完全是免費，對民眾來說這是非常重要的福祉，這次的經驗儘管還未開始，許多他所接見的外賓原本不知道我們可以自製疫苗，而且馬上要開打，聽到後都有非常意外的感覺，看到他們的反應，的確為我們的公衛體系感到驕傲。我們已經擠身先進國家之林，也許我們自己沒有這種感覺，但別人有這種感覺。

馬總統說，防疫不只是打疫苗，其他自主管理和健康管理的措施也一樣發揮很大的功效，教育部在這方面已付出很多的努力。疫情能夠受到控制，至少在打疫苗之前，靠的就是公衛措施，例如勤洗手、不亂打噴嚏等，都有它很重要的功效，希望大家繼續不鬆懈，穩健地一步步往前走，我相信這次H1N1之戰，我們應該可以打贏。