民進黨立委翁金珠指出，內政部和國科會委託專業探測團隊，對台灣周圍海域的地形、溫度、生態、礁層，收集了相當詳細的資料。但是在最近兩岸氣氛緩和下，國安會把這些資料交給中國大陸，中國則把資料提報給聯合國，形同讓聯合國認定台灣是中國一部分，嚴重傷害台灣主權。

內政部長江宜樺表示，這項由海研一號研究船進行的計畫，由國科會補助，內政部監督行政作業，據他所知，沒有把資料分享給中國。江宜樺說：『（原音）據我所知，沒有委員講的這些事情，今天第一次聽到委員講到，有的資料如果屬於學術界公開發表的論文，那是沒關係的。』行政院長吳敦義說，他不知道這件事，但是他一定會確保中華民國的主權和安全。吳敦義說：『（原音）海研一號怎麼可能把報告送來給我？但是我願意深入了解一下，確保我們中華民國的主權和台灣的安全，這兩樣最重要，我會留意。』翁金珠追問，台灣和中國是否有合作開發釣魚台以及南沙太平島的計畫？吳敦義表示，對爭議海域的做法就是暫時擱置主權爭議，尋求共同開發資源，但目前沒有聽到具體的方向。