對於中科四期廢水排放問題，而引起濁水溪兩岸民眾抗爭，行政院長吳敦義21日表示，中科四期所產生的廢水，經過處理後其實已經達到歐盟排放的標準，不過既然地方民眾還是會擔心，他承諾政府會以埋管的方式，把廢水排放到外海。吳敦義說：『（原音）這個水用管線延長，原先是延長到入海口，經過與會的同仁大家建議，我覺得也很可取，就把他從入海口再延伸3公里，這個等於已經是海洋放流的觀念，這個是最高的境界了，所以大家都非常贊成。』吳敦義表示，政府正在研究把中科四期每天13萬噸的廢水，先給國光石化使用。同時，他也指示，中科和環保署，和國光石化共同研究，看是否可以把廢水做到完全的回收運用。

吳敦義也請環保署研究，對於新成分進入海水中，對濁水溪整個海域所可能造成的影響。他強調，政府一定會以最高標準處理廢水問題。