衛生署11月2日正式公告，放寬美國牛肉及其產品進口規定，宣佈將祭出「三管五卡」政策，對美國牛肉輸台提出嚴格行政措施，不過爭議似乎還是沒有平息。

在野黨抨擊，為何美韓協定中清楚寫明只准30月齡以下牛隻輸韓，同時也同意美國牛肉進口韓國，必須提出美國農業部「品質系統評估制度」（QSA）認證文件，台灣政府雖然強調比照辦理，卻沒有白紙黑字載明在台美牛肉議定書中，根本沒有保障。

參與談判過程的經濟部次長梁國新表示，雖然議定書中沒有提及，可是美方在給台灣政府來函的信件中有提出確實保證。此外美國農業部官網上也清楚公告，對台灣和韓國都將發出QSA認證，只准出口30月齡以下牛隻。

另外，衛生署公告的內容中，要求美國牛肉進口台灣必須檢附證明文件中，其中一份文件表格就清楚寫明，必須是30月齡以下牛隻，也需有QSA認證，而這項公告內容，在台美諮商過程中，美方都很清楚。

而台灣採取一連串針對美國牛肉輸台的行政檢疫措施，是否引發美國不滿？梁國新重申，這是完全屬於台灣的行政裁量權，並沒有違背台美議定書精神，梁國新說：『（原音）我們認為我們跟我們雙邊議定書內容是符合的，大部分是我門行政裁量執行的部份，那雙方議定書第二段也寫明了，我們會按照我們國內相關規定，去執行我們執行檢疫措施，因此我們不認為中間有任何的違背。』