政府放寬美國牛肉進口，不過只准許進口30月齡以下牛肉的限制卻沒有明文寫在台美牛肉議定書之中。國安會秘書長蘇起表示，美國農業部和談判總署的官員致函我國，效力等同國際協議。

民進黨立委李俊毅表示，行政官員的書信是否能夠取代兩國協議還有爭議，他主張民進黨立院黨團提出成立「調閱小組」，瞭解在台美牛肉談判過程中，國家利益是否受損。他說：『（原音）我個人主張黨團這邊應該要提出所謂調閱，應該要在立法院做成調閱的決定，成立調閱小組，瞭解、充分掌握談判過程跟談判內容。』國民黨立院黨團書記長呂學樟則說，美方官員的書信表達了決心跟誠意，他相信美方的誠信。呂學樟說，台美牛肉議定書的確有不夠完備的地方，不過美方也用其他的方式承諾，唯一的底線就是絕對不能損及國人健康。他說：『（原音）簽訂議定書的時候，如果不夠完備的地方，透過美國政府的官員，用其他方式，書信方式也好，或是用附件方式承諾，其實也可以補不足，應該對我們國人健康不會有影響。』呂學樟也強調，台美牛肉議定書是行政命令，不是國際條約，需要送進立法院查照，但位階仍低於法律。