日本沖繩縣那霸市內的孔廟每年舉行祭孔，被那霸市政府視為傳統文化，免收土地使用費。但有居民認為，孔廟屬於宗教設施，不收地租違反憲法「政教分離」原則，一狀告上法院。

日本產經新聞報導，此案一審與二審都判原告市民勝訴，認為那霸市政府應收取租金，明天最高法院將三審宣判，引起各界關注。

那霸市的孔廟稱為「久米至聖廟」，位於那霸市松山公園內，占地1335平方公尺。

中國明朝時期，被稱為「久米三十六姓」（閩人三十六姓）的福建人，從中國遷居琉球（沖繩），其子孫成立一般社團法人「久米崇聖會」，負責管理經營至聖廟，每年舉辦祭孔典禮等活動。

久米至聖廟原建於17世紀，二戰時期遭焚毀後，於他處重建，2013年遷至離原址較近的松山公園內。管理公園的那霸市政府，當年除了核准至聖廟遷址，也決定免收每個月48萬日圓的土地使用費。

不過2014年那霸市政府與至聖廟續約，繼續維持免地租措施時，部分那霸市民認為，孔廟是宗教設施，那霸市政府不收地租是違反憲法規定政教分離的原則，一狀告上法院，且一審與二審法院都維持相同見解，認為市政府不應援助特定宗教，判決那霸市政府違憲。

報導指出，日本國憲法20條規定，宗教團體不得接受國家賦予特權、國家不得進行宗教活動；憲法89條也規定，公款不得用於為宗教提供方便。

最高法院過去曾有兩件不符政教分離的違憲判決，不過2件判決的對象都是日本神道教。

一是愛媛縣靖國神社的祭祀費（玉串料）訴訟案，最高法院1997年判決，縣政府牽涉特定宗教團體的宗教祭祀活動，屬於違憲行為。

二是2010年的「空知太神社訴訟」，法院判決北海道砂川市將市有土地無償提供給神社使用，屬於將公款用於宗教團體並賦予特權的違憲行為；判決並指出，神社活動雖然有促進地區親近的意義，但神社本身屬於神道宗教設施。

這次的孔廟訴訟案中，那霸市提供土地給孔廟使用，與上述空知太神社案件類似，但政教分離原則對神道教以外的對象提起訴訟，本身非常罕見；儒教是否屬於宗教，也有討論的空間。

被告那霸市政府主張，儒教沒有宗教性，孔廟屬於觀光資源，且有社會意義，祭孔是沖繩文化的一部分；管理至聖廟的久米崇聖會也並非宗教法人，認為孔廟不屬於宗教設施。