Zymo Research 發佈用於污水中 SARS-CoV-2 變種檢測的開源生物資訊學管道

早期發佈 VirSieve™ 生物資訊學管道將促進環境中 SARS-CoV-2 研究的協作

Zymo Research 發佈用於污水中 SARS-CoV-2 變種檢測的開源生物資訊學管道

加州歐文2021年5月12日 /美通社/ -- Zymo Research 已向環境微生物學界發佈VirSieve 生物資訊學管道源代碼,以促進全球協作並支援對污水中SARS-CoV-2 變種的檢測。VirSieve 是一個自動計算管道,可分析污水樣本中SARS-CoV-2 病毒的測序讀數,以加深了解受監控社區中存在的病毒變種。透過對觀察到的病毒突變的置信區間進行評級,該軟件具有顯著提高準確分析病毒遺傳物質中任何變化的潛力。

Zymo Research 發佈用於污水中 SARS-CoV-2 變種檢測的開源生物資訊學管道

Zymo Research 向環境微生物學界發佈 VirSieve™ 開源生物資訊學管道源代碼,以促進全球協作並支援對污水中 SARS-CoV-2 變種的檢測。
根據疾病控制與預防中心的數據,雖然疫苗的部署對遏制美國的SARS-CoV-2 疫情產生了巨大的積極影響,但新的病毒株仍在湧現。由於有增加的傳播、致病或逃避疫苗的證據,其中一些菌株,例如B.1.1.7,被歸類為「關注的變種」。污水下一代測序正成為近實時社區監控的最可行解決方案。

由於病毒RNA 的片段化和降解,很難對污水進行病毒測序,這常常導致測序錯誤,最終引發錯誤突變。VirSieve 可以識別這些錯誤的變種,將其標記為低置信度或沒有置信度,從而使研究人員能夠以更大的支援過濾突變。Zymo Research 還提供DNA/RNA Shield,該試劑可保護病毒RNA 在滅活任何病毒後不會進一步降解,從而可以安全在室溫下收集和運輸污水樣本。

實驗室資訊系統總監兼Zymo Research VirSieve 管道項目主管Michael Weinstein 博士表示:「Zymo Research 之前已經開發了公共軟件工具,例如Zymo Research Transmit Program,這是一個開源代碼客戶端,用於透過CalREDIE 公共健康報告系統提交2019 冠狀病毒病測試結果。VirSieve 是Zymo Research 正在進行的工作之一,旨在為全球的疫情應對工作提供最大的支援。我們認為,VirSieve 不僅可以用於追蹤污水中的SARS-CoV-2 病毒的變種株,而且還可以用於其他病毒,以協助將來的公共衛生工作。」

Zymo Research 的付費發言人、WorldQuant 定量預測研究所聯合主任、威爾康奈爾醫學院生理學和生物物理學教授Christopher Mason 博士表示:「從臨床樣本或污水中獲得準確的變種是在所有其他病毒變種中正確放置病毒株並告知病原體追蹤工作的關鍵。

如欲了解更多關於VirSieve 管道,請瀏覽Zymo Research 網站或發送電郵至tech@zymoresearch.com聯絡他們。

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圖片- https://mma.prnasia.com/media2/1507133/wastewater_pr_data_on_computer_2000x1111px.jpg?p=medium600

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